Le 22 Juillet 1795, l'Espagne qui occupait jusque là la partie orientale de Saint Domingue (aujourd'hui, République Dominicaine), signa à Bâle un traité avec la France. Par ce traité, Saint Domingue , dans toute son étendue, devint une colonie française. Toutefois, ce traité n'atténua pas l'envie des autres nations impérialistes de l'europe sur l'ile. La France, prise dans l'engrenage des guerres en Europe, n'avait pas assez de troupes coloniales pour défendre et dût se remettre aux leaders noirs et mulâtres pour défendre sa chère colonie.

Après la débâcle insurrectionnelle du trio Boukman, Jean-François et Biassou, Toussaint Louverture fut propulsé au devant de la scène militaire d'abord et politique ensuite. En Juillet 1801, après la proclamation de sa constitution, il devint donc le gouverneur  de Saint-Domingue,et qui suscita des appréhensions chez Bonaparte, alors Premier Consul de France, appréhensions alimentés par des rumeurs faisant de Toussaint, un séparatiste. Toussaint Louverture, en fait, avait "inventé une forme constitutionnelle nouvelle, qui n'était ni l'État fédéral, ni l'État confédéré, mais l'État associé, dont on parlera beaucoup plus tard dans d'autres négociations entre colonies et métropole" (Laurent-Ropa, Denis. Haiti:une colonie française..., p. 264)

A côté de la Constitution de 1801, Toussaint réorganisa toute l'administration. Il établit des écoles, établit des bourses d'études à l'intention des jeunes de la colonie, forma une armée stable, promulgua un code rural. 

En France, Cependant, Napoléon, après avoir conquéri la majeure partie de L'Europe, se retourna vers la Saint Domingue avec l'intention de rétablir l'esclavage et déporter les chefs noirs. Il envoya donc une armée de 22,000 hommes sur 76 vaisseaux, sous les ordres de son beau-frère, le général Victor-Emmanuel Leclerc.

Le 1er. février 1802, cette flotte arriva devant le Cap et Leclerc somma Henri Christophe qui commandait le Nord, de lui livrer la ville dans les 24 heures. Ce dernier préféra donc réduire la ville en cendres plutôt de la livrer aux forces expéditionnaires. qui menèrent une attaque touts azimuts. Malgré la défense héroïque des noirs sous la conduite de Christophe, de Dessalines, de Lamartinière, de Maurepas, de Magny, les Français se rendirent maitre de Saint Domingue point par point. Ainsi, la première tentative d'indépendance échoua, et Leclerc profita de cet échec pour décapiter l'armée coloniale de son chef. En effet, Toussaint qui s'était retiré sur son habitation à Ennery (Département de l'Artibonite), fut attiré dans un guet-apens. Arrêté, il fut embarqué pour la France où on l'enferma au Fort-de-Joux, dans les montagnes du Jura. Il y mourut le 7 avril 1803 .

La cruauté de Leclerc et sa tentative de rétablissement de l'esclavage suscitèrent l’opposition des noirs de Saint Domingue qui avaient commencé à manifester une certaine soumission aux troupes françaises; opposition conduisant à une résistance active pratiquée à travers la guerilla d’abord, et une guerre conventionnelle sans merci ensuite, quand les affranchis mulâtres se rallièrent à la cause des noirs et entrèrent dans une alliance avec eux pour la libération. A travers des harcèlements sans répit, des embuscades en cascade, de longs sièges et aidés par une épidémie de fièvre jaune qui emporta, entre autres, le chef de l’expédition, le général Leclerc, les Haitiens finirent par forcer la capitulation des Français après l'éclatement victoire de la Crête à Pierrot. Rochambeau, qui avait succédé à Leclerc,  capitula alors et s’embarqua pour la France. 

Les esclaves d’hier et les affranchis mulâtres qui subissaient les vexations des colons, venaient de réaliser une geste héroïque jusque là impensable et inédite, et jusqu’ici jamais égalée dans l’histoire de l’humanité, mettant fin à une histoire des plus amères; histoire qui suscite, quand évoquée par les arrières-petit-fils de ces anciens esclaves, des sentiments de révolte, d'indignation, mais aussi de fierté.

Pour rendre officielle la victoire et fêter avec pompe l'indépendance, Dessalines convoqua une assemblée. Boisrond Tonnerre fut chargé de rédiger l'Acte de l'Indépendance. Les cérémonies accompagnant la proclamation de l'indépendance se déroulèrent à Gonaïves le 1er. janvier 1804.